公司修改员工工作时间是否违法，核心在于是否符合劳动合同约定及法律规定。调整工作时间需员工同意，除非合同有约定或法律允许。
若合同明确约定固定工作时间且未赋予公司单方调整权，公司未经员工同意修改即违法。
若合同约定公司可依生产经营调整工作时间且条款合法，则公司在合理范围内调整可能合法。
若修改后工作时间超出法定标准工时（如日超8小时、周超44小时）且未获批特殊工时制度，无论是否协商均违法。
若公司因生产经营需延长工时，经工会和员工协商，且延长时间符合法定限制（日≤1小时，特殊≤3小时，月≤36小时），则调整合法。
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公司修改员工工作时间可能带来法律风险，以下举例说明：
1、诉讼时效风险：员工知晓违法修改后，若未在法定时效内维权（如2023年1月发现公司单方将工作时间从8小时改为9小时，直至2024年2月才申请仲裁），超过一年仲裁时效可能被驳回请求。
2、经济损失风险：违法调整可能导致员工加班费减少或生活失衡（如公司未批准即改为不定时工时制，未支付加班费，员工月收入减少数百元）。
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公司修改工作时间的处理还受特殊情况影响：
1、紧急情况下的临时调整：公司因自然灾害、事故危及生命财产安全需紧急处理，或生产设备故障需抢修时，可临时调整工作时间，无需事先协商，员工应配合，此调整合法。
2、经批准的特殊工时制度：用人单位因生产特点无法实行标准工时制的，经劳动行政部门批准可实行综合计算工时或不定时工作制，若修改后符合该制度规定则合法（如经批准对部分岗位实行综合计算工时，周期内总工时未超法定标准，即使单日超时也合法）。
3、集体合同特殊约定：公司与工会签订的集体合同中若有合法的工作时间调整约定，符合约定条件时可按集体合同执行，此时集体合同约定优先于个别劳动合同。
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判断公司修改员工工作时间是否合法，可依据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第三十五条：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”工作时间是劳动合同核心条款，公司修改属于变更合同内容。若公司未与员工协商一致、未采用书面形式，该变更对员工不生效，员工有权拒绝，因此此类单方修改行为违法。

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